Bakterije so okoli sebe, v zraku, na predmetih in običajno najdemo v človeškem telesu in na njem. Ko je bakterija na človeškem telesu v odsotnosti bolezni, se imenuje kolonizator. Vendar pa se ljudje okužijo iz patogenih bakterij iz hrane, vode, odrgnin in drugih ran in celo iz kolonizirajočih bakterij, če pridejo v normalno sterilni del telesa. Patogena bakterija je tista, ki povzroča bolezni v gostitelju. Seznam patogenih bakterij je precej velik, vendar obstajajo nekateri pogosti vzroki bolezni pri ljudeh.
Stafilokoki
Skupina bakterij, znanih kot stafilokoki, zlasti Staphylococcus aureus, so eden najpogostejših vzrokov za človeško bolezen. Večina stafilokokov kolonizira kožo in mukozne membrane ljudi brez bolezni. Vendar pa lahko stafilokoki povzročijo površinske in sistemske okužbe glede na pravilne razmere. Nekatere bolj pogoste površinske okužbe, ki jih povzroča S. aureus, vključujejo vrenje, impetigo in folikulitis. Resnejše in pogoste okužbe, ki jih povzroča ta organizem, so pljučnica, bakteremija in okužbe kosti in ran. Staphylococcus aureus lahko proizvaja tudi toksine, ki lahko povzročijo tako raznolike bolezni, kot so zastrupitev s hrano in sindrom toksičnega šoka.
Druge vrste stafilokokov, ki pogosto povzročajo bolezni pri ljudeh, je Staphylococcus saprophyticus. To je pogost vzrok za okužbe sečil pri spolno aktivnih ženskah.
Streptococcus
Tako kot stafilokoki obstaja veliko vrst streptokokov, ki jih običajno najdemo v človeškem telesu. Nekateri sevi streptokokov povzročajo nekatere najbolj resne bolezni pri ljudeh. Streptococcus pyogenes (strep skupina A) je glavni vzrok bakterijskega faringitisa (strep grla) pri ljudeh. Nezdravljeno strep v grlu lahko povzroči resne posledice, kot so revmatična zvišana telesna temperatura (srcni ventili) in glomerulonefritis (ledvice). Druge okužbe vključujejo impetigo in uničujoče "bakterije, ki jedo meso", sicer znane kot nekrotizirajoči fasciitis. Pri nekrotizirajočem fasciitisu je hitro uničenje mehkih tkiv in mišic. To je pogosto smrtna bolezen in potrebna je hitra obravnava.
Gram-negativni bacili
Obstaja več deset vrst različnih gramsko negativnih bacilijev, pri čemer se številne vrste običajno nahajajo v črevesnem traktu. V črevesnem traktu imajo ugoden učinek na telo s preprečevanjem porasta potencialnih patogenov. Vendar, če s kirurškim posegom ali poškodbami te bakterije pridejo iz črevesja, lahko povzročijo resno, življenjsko nevarne bolezni. Ena izmed bolj pogostih gram-negativnih bacilijev, ki povzročajo bolezen pri ljudeh, je Escherichia coli. V skladu z Bailey in Scottovo "diagnostično mikrobiologijo" je E. coli daleč najpogostejši vzrok nezapletenih okužb sečil v okužbi v skupnosti, pogosto pa se pri okužbah ran. Nekateri sevi E. coli (npr. E. coli O157: H7) lahko povzročijo resno drisko in poškodbo ledvic.
Salmonella in Shigella sta dve gramnegativni bacili, ki sta znana po vzrokih za zastrupitev s hrano in dysenterijo.
Gram-negativni bacili so bili vpleteni v okužbe, ki so različne, kot so pljučnica in ušesne bolezni.
Neisseria
Večina vrst Neisseria se običajno nahaja v ustih in ženskih spolnih traktih. Vendar pa obstajajo dve vrsti, ki lahko povzročijo zelo resno bolezen pri ljudeh.
Neisseria gonorrhoeae je vzrok spolno prenosljive gonoreje. To je veliko javnozdravstveno vprašanje v ZDA in po svetu. Nezdravljene okužbe gonoreje lahko privedejo do resnejše bolezni, kot so gonokokni artritis in vnetna bolezen v medenici (PID).
Neisseria meningitis je povzročitelj meningokoknega meningitisa, resne, potencialno življenjsko nevarne bolezni hrbtenice in meningov.
